Cikal bakal MAN 5 GARUT adalah  perubahan status dari  MA Swasta Al-Junaediyah yang dinegerikan pada tahun pelajaran  1996/1997. Pada awal berdiri MAN 5 GARUT memiliki jumlah siswa  sebanyak 12 orang dengan 3 ruang kelas dan  1 ruang  kantor semi permanen.

Dalam perkembangannya kurang lebih 2 tahun setelah berjalan mulai timbul permasalahan  yakni adanya perbedaan paham dan kepentingan antara pihak MAN dengan Yayasan Al-junaediyah yang mengakibatkan MAN 5 GARUT terpaksa hijrah sementaraa  ke MTs Negeri 1 Cibatu Garut selama 1 tahun  yakni tahun 2000.

Selanjutnya melalui imbal swadaya orang tua siswa MAN 5 GARUT membeli lahan tanah seluas ± 3600 m². Kemudian pada tahun 2000 mendapat bantuan bangunan 5 RKB dan pada tahun itu pula MAN 5 GARUT mulai berdiri sendiri menempati tempat baru serta  lepas dari Yayasan Al-junaediyah. Sehingga perkembangan dan perjalanan MAN 5 GARUT dari tahun ke tahun terus mengalami peningkatan yang signifikan. Namun demikian MAN 5 Garut tetap terus berupaya mengevaluasi dan meningkatan sumber daya manusia (SDM) serta sarana dan prasarana.

Adapun susunan  kepemimpinan  Kepala MAN 5 Garut dari  tahun ke tahun adalah sebagai berikut.

1. Drs. Yoyo, tahun 1996 s.d. 2003.

2.  Drs. M. Bunyamin, tahun 2003 s.d. 2004.

3. Drs. H. Dindin Suteja, M.M., (PJS) tahun 2004 s.d. 2005.

4. Zainal Abidin, S.Ag, tahun 2005 s.d. 2007.

5. Asep Jamaludin, S,Pd., M.MPd.,  (PJs) tahun 2007.

6. Drs. Enjang Rahmat, Sy,  tahun 2007 s.d. 2015.

7. Drs. H. Kusnawan,  M.PMat.,  tahun 2016  s.d.  2021.

8. Dr. H. Sudi Priyambodo, M.Pd., tahun 2022 s.d. sekarang.

1. Lingkungan Madrasah